公安机关对已经立案的刑事案件，进行侦查的方式主要是全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或无罪、罪轻或罪重的证据材料。经过侦查，对有证据证明有犯罪事实的案件，应当进行预审，对收集、调取的证据材料的真实性、合法性及证明力予以审查、核实。

公安机关立案侦查的案件

除法律另有规定的，其他刑事案件应当一律由公安机关立案侦查。

法律另有规定的有：

（1）由人民法院直接受理，不需要经过侦查的自诉案件；

（2）由人民检察院直接立案侦查的案件；

（3）由军队保卫部门负责侦查的军队内部发生的刑事案件；

（4）由国家安全机关立案侦查的间谍案；

（5）由监狱立案侦查的罪犯在监狱内犯罪的案件。

需要特别注意的是，涉税案件、破坏社会主义市场经济秩序罪由公安机关管辖，人民检察院不应受理；伪证罪、拒不执行判决、裁定罪由公安机关立案侦查，而不应由人民法院直接受理。

另外，对于自诉案件的第二类，被害人向人民法院起诉后，人民法院认为证据不足、可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理。

《刑事诉讼法》第一百一十五条

公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。对现行犯或者重大嫌疑分子可以依法先行拘留，对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人，应当依法逮捕。