目前住房公积金贷款的优势在于贷款利率低，比商业贷款低1个百分点左右。在相同担保方式下，贷款中的费用一般也比商业贷款低，而在住房公积金贷款中采用抵押加保险的较高费用的担保方式时，贷款费用一般比商业贷款高，但贷款费用和利息负担之和仍要比商业贷款低，而且保险公司要承担相应的责任和风险。

实际贷款期限要比商业贷款长，虽然两种贷款文件规定最长贷款期限目前都是30年，但一般商业贷款实际不会放到30年。抵押率高，住房公积金贷款最高可以贷到房价的90％，而商业贷款最高只能达到80％。

只要是合法的购房都可以申请贷款，但商业贷款一般房改房等有些性质的房屋不能提供贷款，即使商品房一般也局限于与银行有按揭协议的项目。商业贷款的优势在于，手续相对于公积金贷款一般更简便一些，但住房公积金贷款目前也可以委托代理公司帮助办理。

由于住房公积金贷款是委托贷款，商业贷款办理速度一般相应也更快一些。最高贷款额度比住房公积金贷款要高，住房公积金贷款目前最高只能贷到39万元。在住房公积金贷款采用抵押加保险的担保方式时，商业贷款前期贷款费用一般比住房公积金贷款要少。由于住房公积金贷款比商业贷款多了保险的担保方式，不一定必须开发商担保，所以商业贷款中开发商提供保证担保的更多一些。