司法机关应对出庭作证的鉴定人提供相应的保护。在法庭做出需要鉴定人出庭作证的决定并得到鉴定人肯定答复后，就应制定相应的保护方案、明确保护鉴定人的司法部门甚至落实到具体的责任人，明确保护不利的责任追究制度和损害赔偿方案。同时为出庭的鉴定人购买人身意外保险，以确保其受到伤害以后能够及时得到补偿，且可减轻国家机关的赔偿压力。

建立鉴定人及其近亲属受到人身伤害、财产损失后的赔偿机制。对鉴定人权利已经受到伤害的，应当及时采取补救措施。例如，对造成财产损失的，应当及时予以补偿。造成人身伤害并构成犯罪的，应当依法追究刑事责任。除出庭的鉴定人外，其近亲属也可能会由于鉴定人的出庭作证面临相似的困境。因此，司法机关对于出庭鉴定人的近亲属也应当给予相应的保护，以解决鉴定人出庭的后顾之忧。具体的保障措施，建议参照《刑事诉讼法》保护证人及其近亲属等的规定。

重特大案件，应在鉴定人和当事人之间设置屏障或其他遮盖。重特大案件中不应公开鉴定人的真实姓名、住址和工作单位等信息。允许鉴定人采用远程视频出庭的方式，消除面部特征掩盖真实声音，以减轻鉴定人的心理压力，降低被侵害的可能性。