一、基本情况

某A公司(以下简称甲方)与某B公司(以下简称乙方)于1995年10月1日签订了《协议书》。协议书内容如下：甲方(A公司)将河西第二苗圃的土地，租赁给乙方(B公司)三亩计2，000平方米供乙方使用，年租金为24，000元;土地租赁期限为六年;乙方在租赁土地上经甲方同意批准，可自筹资金自建生产用厂房628平方米及部分临时厂房、围墙及生产设施，供乙方生产使用，产权归乙方;如遇拆迁或征用，对方所付拆迁费归乙方;如甲方征用或转租该租赁土地场所须经乙方同意并赔偿乙方的一切损失。协议签订后，B公司即投入资金建设厂房，平整建设了宽6.6米、长83米的道路，购置变压器。2001年10月1日及2002年10月1日，A公司与B公司又续签了《协议书》，除租期(一年)外，其余条款与1995年10月1日《协议书》一致。1999年6月2日，以A公司为土地出租方(甲方)、B公司为土地承租方(乙方)，又签订了《协议书》，约定：乙方筹集资金，在甲方的2,667平方米土地上修建围墙及房屋设施，建房屋约500平方米;新建设施以租赁方式由乙方先期使用，乙方每年交纳租金36000元;乙方先期使用期限为六年，自1999年10月1日起至2005年9月30日止，到期后如乙方需继续使用，甲方应充分考虑到乙方所做的先期投入，而优先租用给乙方继续使用;如遇拆迁或征用，征用或拆迁费中与土地有关部分归甲方所有，与房屋有关部分归乙方所有;如甲方征用或转租乙方租赁的土地场所，须经乙方同意并赔偿乙方的一切损失。该协议签订后，B公司又投入资金建设厂房和其他房屋及围墙。B公司为履行1995年10月1日《协议书》和1999年6月2日《协议书》，投资建设厂房、道路、围墙以及变压器等生产设施。协议书约定由乙方投资建造的建筑物的产权到期后归A公司，涉案房屋仅有期限2年的临时建设手续，没有办理其它建设或产权手续。2003年12月8日，A公司致函B公司，要求提前解除双方签订的《协议书》。涉案土地为国有划拨地，该土地于2004年8月变更为某集团公司所有，土地性质为出让地。2006年3月23日，某集团公司向B公司发出通知搬迁，限令B公司于3月31日前搬迁出租赁土地。B公司不同上述解除或搬迁的通知，并函告A公司与某集团公司。至二审判决作出时，B公司一直占用上述土地。

2005年5月，B公司诉至一审法院，请求确认B公司与A公司于1995年10月1日、2001年10月1日、2002年10月1日以及1999年6月2日签订的协议无效;请求判令A公司与集团公司赔偿其经济损失330万元人民币。B公司为证实其损失主张，提供了其厂房、围墙、道路及管道等设施明细及土地征用补偿计算标准，总计3279677.3元。两被告均不予认可。