侦查是指刑事诉讼中的侦查机关为了查明犯罪事实、抓获犯罪嫌疑人，依法进行的专门调查工作和采用有关强制性措施的活动。公安、检察机关在刑事案件侦查过程中存在的问题主要表现在以下几个方面：

（一）法定侦查期限内不能侦查终结的案件，办案人员不按照法律规定办理有关手续。根据刑诉法第一百二十四条、一百二十六条和一百二十七条之规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过两个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，经上一级人民检察院或省、自治区、直辖市人民检察院批准或决定，可以延长1个月或3至5个月。但在实践中，有些侦查人员对于不能按期侦查终结的案件，不按法律规定报请上级人民检察院批准延长侦查期限，而是自行决定延期侦查。

（二）不及时变更刑事强制措施，超期羁押犯罪嫌疑人。刑诉法第六十五条和六十九条规定，公安机关对于被拘留的人应当在拘留后的24小时内进行讯问。在发现不应当拘留时，必须立即释放，发给释放证明。对需要逮捕而证据还不充足的，可以取保候审或监视居住。公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应分别不同情况在拘留后的3日、7日、30日内提请人民检察院审查批准。人民检察院应自接到提请批准逮捕书后的7日内作出批准或不批准逮捕的决定。人民检察院不批准逮捕，公安机关应在接到通知后立即释放。对于需要继续侦查，并符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或监视居住。刑诉法第一百三十四条规定：人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，认为需要逮捕的，应在10日内或最迟在14日内作出是否逮捕的决定。对不需要逮捕的，应立即释放。对于需要继续侦查并符合取保候审、监视居住条件，依法取保候审或监视居住。实践中，有的一般案件，从拘留至逮捕决定作出之日的拘留期限竟超出了法律规定的最长期限30日。而且在案件不能按期侦查终结时，也不依法变更刑事强制措施，经常是超期羁押、一捕到底，严重地侵犯了犯罪嫌疑人的合法权益。