单位自管房不能办理产权证的主要原因包括以下五个方面：

1、按规定，土地房屋用途变更必须向规划管理部门和土地管理部门申请，补办批准手续。但有的单位在建设时擅自改变土地房屋用途或变更规划设计，至今未能补办相关手续，致使权证不能办理。例如，市政府用地批文明确批复该单位土地用途全部为工业用途，但单位或是全部或是部分建造为住宅用房，还有的单位土地用途市政府批复为住宅，单位建设时却改变规划部门设计批复，底层改作商场之用。

2、单位在属于本单位的用地范围或习惯用地上自建房屋，不知道应先办理用地及建筑审批手续，或有关审批手续不齐全，或少批多建，这类现象在一些单位普遍存在。

根据《土地管理法》第43条的规定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地。

另外，《城市规划法》第32条规定，在城市规划区内新建、扩建和改建建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程设施，必须持有关批准文件向城市规划行政主管部门提出申请，由城市规划行政主管部门根据城市规划提出的规划设计要求，核发建设工程规划许可证。

建设单位或者个人在取得建设工程规划许可证件和其他有关批准文件后，方可申请办理开工手续。以上规定明确了即使是在单位的用地范围内建设，也须办理用地和建筑审批手续。

3、因施工单位偷工减料或消防存在安全隐患，或排污不合格等问题导致工程项目没有通过竣工验收，也无法办理土地房屋权证。

4、单位的房产是经调拨、调换取得，但权属来源不清或资料不齐全。例如，建国后由政府对房产进行调拨、调整，由于当时管理上的不到位，造成批准文件或产权资料遗失，致使房屋产权来源不清，无法办证；还有近几年主管单位以文件的形式对本单位或下属单位的房产随意进行调拨，未经国有资产管理局或有关职能部门批准，也无法办理产权证。

5、因企业倒闭，或向银行贷款未能如期偿还，致使该单位房产被法院查封，登记机构无法办理产权证。