非法社团由社会团体和民办非企业单位登记管理机关处理。
《社会团体登记管理条例》第35 条规定：未经批准，擅自开展社会团体筹备活动，或者未经登记，擅自以社会团体名义进行活动，以及被撤销登记的社会团体继续以社会团体名义进行活动的，由登记管理机关予以取缔，没收非法财产。
构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予治安管理处罚。而《社会团体登记管理条例》第6 条规定：国务院民政部门和县级以上地方各级人民政府民政部门是本级人民政府的社会团体登记管理机关。由此可见，取缔非法社团的职责属于民政部门，公安机关是依照《治安管理处罚法》对非法社团进行治安管理处罚。即对违反国家规定，未经注册登记，以社会团体的名义进行活动，被民政部门取缔后，仍进行活动的和被民政部门依法撤销登记的社会团体，仍以社会团体的名义进行活动的，由公安机关依照本条规定予以处罚。