公司合并维护职工利益的方式如下：首先给予员工自由选择的机会，即职工有权自由选择去留。若职工选择离开，则公司应该要给予职工对应补偿。一般是按劳动者在本单位工作的年限决定经济补偿的数额，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿；六个月以上不满一年的，按一年计算。

公司合并的流程

（1）签订合并协议

（2）编制资产负债表及财产清单

（3）合并决议

1、有限责任公司的股东会对公司合并作出决议时，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。

2、股份有限公司的股东大会对公司合并作出决议时，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。且对于股东（大）会通过的合并、分立决议，表决时投反对票的股东有权请求公司按照合理的价格收购其股权。

（4）通知债权人

公司应当自作出合并决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自公告之日起45日内可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。且参与合并的公司（无论其是否消灭）均应当履行通知、公告义务。无论债权人的债权是否到期，均可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。

（5）依法工商登记变更。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》第八十四条

以募集设立方式设立股份有限公司的，发起人认购的股份不得少于公司股份总数的百分之三十五；但是，法律、行政法规另有规定的，从其规定。

《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条

经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。

六个月以上不满一年的，按一年计算；

不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。