保证金质押合同不能对抗破产法。

质权的设立虽然在形式上完成了对标的物的占有转移，但这一效力并不及于所有权，质物在实质上仍归属出质人所有。当保证金担保出质人由于经营不善进入破产重组程序后，根据《中华人民共和国企业破产法》(以下简称“《破产法》”)相关规定，保证金账户内的金钱通常会被认定为债务人财产，质权人应当向破产管理人或清算组交付该财产。

依据《破产法》第30条关于破产债务人财产范围的界定，破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，均为债务人财产。结合《最高人民法院关于适用若干问题的规定(二)》(法释〔2013〕22号，以下简称“《规定(二)》”)第3条之规定，债务人已依法设定担保物权的特定财产，人民法院应当认定为债务人财产。