司法鉴定与法院判决之间的关系是：司法鉴定只是对某一事实做的专业鉴定，例如在一起交通案件中，对于当事人所受的伤害的鉴定，只证明这个人被车撞后上市的严重程度是什么，属于几级伤残。而法院的判决是对一个案件作出的最后的认定。

一、二者具体的区别

第一，第一次司法鉴定不存在任何问题，既不违反鉴定程序，鉴定资质也不存在问题，那么，第一次鉴定就是有效的，虽然法院同意(可能是口头也可能是记入笔录)第二次鉴定，但在司法实践中是无法操作的，如果第二次鉴定结果出来了，也不存在任何问题，鉴定结果相同倒还好，如果不同了，法院应当采用哪种？这就出现问题了。所以在这种情况下，法院在办案程序上存在瑕疵，但不影响结果的处理，所以判决第一次司法鉴定也是合理的。

第二，第一次司法鉴定存在问题。如可能是取样不符、鉴定程序有问题、鉴定资质不符、鉴定依据有问题等。那么，第一次就是无效的了，法院同意进行第二次鉴定就没有问题。而在这个时候，如果法院直接依据第一次鉴定结果判决，那么就是违法的了。

按照你的情况，现在最主要的是弄清楚，你申请司法鉴定异议的依据是否充分。如果有证据证明第一次鉴定存在问题，那么你必须要上诉(如果是生效判决进行申诉或申请检察院抗诉)，你的胜算很高。如果证据不充分，你也可以上诉，因为法院办案程序存在瑕疵。但上诉后，上级法院发还重审，法院完善程序后，依然会按照第一次判决的结果来判，结果是相同的。

司法鉴定是对于一个案件中的某一个事实利用专业领域的手段和技术进行鉴定，从而为案件的审理和判决提供有效的证据；而法院的判决是针对整个案件的各个环节进行一些列的审理和分析，基于各项法律给出最终的一个判决结果，二者之间有着一定的联系。