一方面，专用账户设置不合法，根据国库集中收付制度规定，行政单位只在银行保留国库单一账户，其他账户必须清理撤销，在源头上就否定了该做法。另一方面，统一专户管理的票据使用不合理，众多基层法院没有统一的做法，有的单位无论收支均使用自制的票据，违背了会计核算中的清晰性原则。

而在执行款物管理、发放的实际环节中，也存在不统一不规范的情况。黄陵县人民法院网刊载的一篇文章指出，有的基层法院未设置管理台账或台账设置不规范不完善，并且款物的收取、发放与财务衔接不顺畅，导致执行款物家底不清，处置不明了。另外，基层法院执行案件数量多，累计金额大，收支频繁，操作环节多，涉及收取、评估、拍卖、报领、审批、支付、归档等等，特别是有些执行案件跨年度长，多次恢复，多次中止，或涉及三角债、多角债等复杂性案件，造成执行款收付余具体不明晰。有的基层法院执行款物管理采取简单登记台账、资金实物管理等不细化、不规范，台账手工登记，不便于查找及汇总;有的资金收付采取流水记账，财务部门很难起到监督管理作用。

监管难还有更深层次的原因。执行款专户由法院财务部门负责，执行款物发放由法院执行机构即执行庭负责，这两个部门虽然名义上要分工合作、互相监督，但仍同属一个法院，因而几乎不可能实行有效的监督。事实上，我国民事执行权的配置早已存在争议。矛盾就在于法院只是审判机关，执行庭作为执行机构，如果隶属于法院，则与法院职责定位冲突——相当于审判权和执行权并未真正分离，权力高度集中，必然缺乏透明和公开。所以有学者建议在现有普通法院之外设立执行法院，实行审执彻底分离和垂直领导。