一是使用范围不同。普通发票在所有的经营活动中都可以使用，而增值税专用发票仅限于增值税一般纳税人在销售货物和提供加工、修理修配劳务时使用；

二是票面记载的内容不同。普通发票记载的主要是交易数量、含税价格、含税交易额等，增值税专用发票记载的主要是交易数量、不含税价格、不含税交易额、增值税税额等；

三是联次不同，普通发票一般有三联，分别是存根联、发票联、记账联，而增值税专用发票一般有发票联、记账联和税款抵扣联。