实践中，对于仅有增值税专用发票能否认定付款事实的问题，有两种认识：一种认为只要有增值税专用发票，就可以认定已付款的事实；另一种认为仅有增值税专用发票不能认定已付款的事实。笔者认为前一种认识是错误的，而且后果是可怕的；后一种认识是正确的，而且是公平的。理由如下：

1.增值税专用发票的特定功能决定了它的使用与一般的发票是不同的，而且这一点确实体现在了开票与付款的前后次序上。增值税专用发票是作为纳税人的经济主体在经济活动中的重要商业凭证，是兼记供货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明，对增值税的计算和管理起着决定性的作用。正是增值税专用发票所具有的这种特定功能，决定了它与一般的发票有着不同的性质和作用。在使用一般发票进行买卖交易的场合，通常情况下是在付款后再开具发票，或者是开具发票与付款行为同时进行，因此，发票在这种情况下就可以作为付款凭证，证明已经付款的事实。但在使用增值税专用发票交易的场合，因为这种专用发票还具有证明供货方已尽纳税义务和购货方进项税额的作用，因而它就又具有了确定最终应付货款准确数额的作用，因此，一般情况下是在交付货物的同时，或者在交付货物后、最迟在结算之前，由供货方向付款方开具增值税专用发票，付款方再依据开具的增值税专用发票所确定的付款数额进行结算。即开具增值税专用发票在前，付款在后。由此可见，仅有供货方开具的增值税专用发票，还不足以证明购货方已经付款。

2.购货方要以增值税专用发票证明付款的事实，还须另外举证加以证明。如果当事人采用不同于上述情况的特殊的交易方式，比如先付款再开具增值税专用发票，就需要购货方在诉讼中对这一点专门进行举证证明，比如交易双方约定或长期采用了先付款后开增值税专用发票的交易方式。当然，最直接的还是用其他证据证明确实已经付款，比如进账单、支票存根等付款凭证，即使是给付现金也应该举出相应的证据，而且在通常情况下这种证明也是不难的，给付现金却未让对方出具收条、也不能举出其他的适当证据，这就不符合常理。因此，如果购货方不能举出其他证明其已付款的证据，那就应当承担举证不能的法律后果。

3.供货方应否承担举证责任。与购货方须承担举证责任的情况相反，供货方提出仅有增值税发票不能证明付款的主张，可以说是根据经济生活常识，或者说根据日常生活经验法则可以推定的事实，依据证据规则第九条第一款第（三）项之规定，这是不需要加以证明的事实，因此供货方对对方未付款的事实不承担举证责任。