第一，交通肇事罪与以危险方法危害公共安全罪最明显的区别就在于犯罪的主观方面不同，前者是过失，后者是故意。交通筆事罪是过失犯罪，即行为人对交通事故发生的后果具有过失心理，也就是行为人违反交通规章制度，应当预见自己的行为可能发生严重危害交通安全事故的后果，因疏忽大意而没有预见，或者已经预见而轻信能够避免，以致发生严重后果。当然，说交通肇事罪是过失罪，并不意味着行为人没有任何的明知行为。行为人对自己违反交通管理规章一般都是明知的，如酒后驾车，无证驾车等等，但这不是该罪主观方面的构成要件，关键看行为人对行为结果的心理态度。以危险方法危害公共安全罪是故意犯罪，即行为人明知自己的行为会发生危害不特定多数人生命和财产安全的严重后果，而希望或者放任这种结果的发生，其中希望是直接故意，放任是间接故意。

第二，两罪在客观方面不同。交通肇事罪表现为行为人在交通运输中违反交通管理法规，发生重大事故，致人重伤、死亡或使公私财产遭受重大损失的行为；而以危险方法危害公共安全罪在客观方面表现为行为人用驾车等危险方法危害不特定多數人的人身和财产安全的行为，它既没有要求行为人必须违反交通管理法规，又没有要求必须发生致人重伤、死亡或公私财产的重大损失的后果。《刑法》第114条规定：“放火、决水、爆炸、投毒或者以其他危险方法破坏工厂……或者以其他方法，危害公共安全，尚未造成严重后果的，处……’’这就表明，以驾车方法危害公共安全罪可以是行为犯，即尚未造成严重后果就构成犯罪，如果造成严重后果，則是《刑法》第115条规定的加重处罚标准。而交通肇事罪则是结果犯，即必须发生人员死、伤或财产重大损失才构成犯罪，否则应由公安交通管理部门按一般交通事故作出行政处理，或由人民法院作出民事赔偿裁定。

第三，两罪构成方面的特殊要求也有差异。由于交通肇事罪是驾车人违反交通管理法规及规章而引发的犯罪，所以其在犯罪构成上有着特别的要求。它要求事故必须是发生在交通道路上，如果事故发生在非交通道路上，即使轧死了人也不构成该罪，如驾驶汽车在家属区内轧死人，则不能以交通肇事罪定罪，过失的则构成过失致人死亡罪；而以驾车方法危害公共安全罪则无此要求，只要驾车人以驾年的危险方法足以危害不特定多数人的人身和财产的公共安全，即可以构成该罪。另外，以驾车方法危害公共安全罪较多与交通筆事联系在一起，如驾车人醉酒后在大街上撞了人，此时发生的是肇事行为，如果该行为人继续驾车横冲直撞，其后的行为就是危害公共安全的行为，因为其主观方面发生了变化，由过失转化到间接故意。如果肇事时撞死了人或造成了财产的重大损失，則该行为人就同时触犯了交通肇事和以驾车方法危害公共安全两个罪名，应按照数罪并罚的原则进行处罚。