建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

一、发包人主张工程质量不符合合同约定怎么办

(1)建设工程已经竣工验收合格，或虽未经竣工验收,但发包人已实际使用，工程存在的质量问题一般应属于工程质量保修的范围，发包人以此为由要求拒付或减付工程款的，对其质量抗辩不予支持,但确因承包人原因导致工程的地基基础工程或主体结构质量不合格的除外;发包人反诉或另行起诉要求承包人承担保修责任或者赔偿修复费用等实际损失的,按建设工程保修的相关规定处理。(2)工程尚未进行竣工验收且未交付使用，发包人以工程质量不符合合同约定为由要求拒付或减付工程款的,可以按抗辩处理;发包人要求承包人支付违约金或者赔偿修理、返工或改建的合理费用等损失的，应告知其提起反诉或另行起诉。(3)发包人要求承包人赔偿因工程质量不符合合同约定而造成的其他财产或者人身损害的，应告知其提起反诉或另行起诉。

二、建设工程的竣工时间如何确定

工程实际竣工日期的确认，如经双方签字确认竣工日期的，应以双方确认的日期为竣工日期。当双方对实际竣工日期有争议时，应分别情况进行处理：

1、建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日作为竣工日期。

2、承包人已经提交了申请竣工验收的报告，而发包人迟迟不予验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期。

3、在建设工程未经验收的情况下，发包人擅自使用的，以建设工程转移占有之日为竣工日期。如果发包人擅自使用部分单项工程的，只能视为该部分单项工程转移占有之日为竣工日期，但是不能视为整个工程的竣工日期。