1、适用公司不同

境内获准的免税运营商主要有5家，分别为：中免公司、深圳市国有免税商品(集团)有限公司、珠海免税企业集团有限公司、日上免税行(上海)有限公司和新设立的海南省免税品经营公司。

而零税率只有中免公司可以在全国范围内的主要机场、港口和边境口岸经营零税率业务，不存在地域限制，而其他公司则作为区域性或招标试点经营的零税率运营商。

2、增值税优惠幅度和进项税额抵扣待遇不同

增值税零税率不仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳增值税，而且，以前各交易环节(或流通环节)的累积增值额也不用缴纳增值税，具体通过允许抵扣进项税额来实现。

但免税仅仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳增值税，进项税额不允许抵扣，计入交易成本，如果税务和会计上已经抵扣了，需做转出进项税额处理。

3、税收管理要求不同

零税率是增值税税率的一种，只要符合税法规定，就可以适用增值税零税率，并按月向主管退税的税务机关申报办理增值税退(免)税手续。

而免税是一项税收优惠政策，一般需报税务机关备案。

4、背景不同

零税率根据社会经济发展的一般情况群体的平均承受能力来制定的，适应了普遍性、一般性的要求。

但免税在不同产业、不同地区和不同的纳税人、征税对象，往往需要从实际出发，对一些需要扶持、鼓励或照顾的地区、行业、产业或纳税人、征税对象给予特殊的规定，体现的是税收因地制宜、区别对待、合理负担的原则。