1、税务机关定期定额导致少征税款。按照税法的规定，税务机关对纳税人的征收方式有查帐征收、查定征收、查验征收、定期定额征收等。对定期定额征收主要会出现其实际销售额或者营业额远远高于所定的定额而少征税款，对这类问题只要经过集体研究且所定定额没有明显低于同行业标准，对参加定额的税务人员都不能认定有罪。

2、批准减免税出现的不征或者少征税款。纳税人提供虚假材料骗取减免税，如提供国防工程或者军队系统的建筑安装工程的材料骗取免征营业税;提供新办企业的材料骗取减免企业所得税;谎报残疾人人数得以福利企业而获取减免税等，这些材料可以是真实的，但却与客观事实不符，税务人员只能凭书面的材料同意减免税的审批，对因此造成不征少征税款的税务人员，不宜追究其刑事责任。

3、税务检查没有发现偷税造成少征税款。对纳税人进行检查，要救税务人员具有谙熟的财务会计知识和税收，往往出现的问题是前面一些素质低些的税务人员检查时没有发现偷税行为，但之后素质较高的检查人员查出了巨大偷税额，对这类因税务人业务素质原因造成少征税款的，不应定罪。