依据我国相关法律的规定，对拆迁补偿协议有异议的，房屋拆迁部门是行政机关，所以一般是向人民法院提起行政诉讼，如果是因履行问题产生争议的，提起民事诉讼。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。

补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

第二十六条房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。

补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。

被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

一、房屋拆迁安置补偿费要给多少

拆建单位依照规定标准向被拆迁房屋的所有权人或使用人支付的各种补偿金。一般有：

(1)房屋补偿费(房屋重置费)，用于补偿被拆迁房屋所有权人的损失，以被拆迁房屋的结构和折旧程度划档，按平方米单价计算。

(2)周转补偿费，用于补偿被拆迁房屋住户临时居住房或自找临时住处的不便，以临时居住条件划档，按被拆迁房屋住户的人口每月予以补贴。

(3)奖励性补偿费，用于鼓励被拆迁房屋住户积极协助房屋拆迁或主动放弃一些权利如自愿迁往郊区或不要求拆迁单位安置住房，房屋拆迁补偿费的各项标准由当地人民政府根据本地的实际情况和国家有关法律政策加以确定。

由宅基地区位补偿价、被拆迁房屋重置成新价构计算公式为：房屋拆迁补偿价=宅基地区位补偿价×宅基地面积+被拆迁房屋重置成新价。