1、无证房屋的拆迁补偿远低于有证房屋。没有房产证的房屋属于违法建筑的，不予赔偿。如果是没有房产证的合法建筑物，如果当事人对赔偿不服，就不能签订赔偿协议，提起行政诉讼。参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条可以看出：“市、县人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门进行调查，依法对征收范围内未登记的建筑物进行认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑不予补偿。”因此，根据法律，无证建房是违法的。拆迁人在作出房屋征收决定前，应当对拆迁范围内涉及的房屋进行调查，综合考虑房屋建设年限、建设过程中的有关规定、是否有遗漏等因素，综合确定相应的安置补偿方案部门。因为历史原因很常见，房屋开工建设是符合法律相关规定的，虽然没有合法的权属证明，但应该符合安置补偿标准，不应该区别对待。

无证建筑不一定是违法建筑，拆迁方要分析具体情况，即使认定为违法建筑，除特殊情况外，也要给予适当补偿。二是无证房如何补偿？对于无证房屋的拆迁，有以下三种补偿方式：

1。祖传房屋。农村传宗接代的房屋是上世纪六七十年代以前建造的，即使没有房产证，也不反对房屋的合法性。房屋拆迁补偿相当于有证房屋的全额补偿。2。由于房屋位于农村，2008年《城乡规划法》颁布前法律规定不完善，农村宅基地上房屋管理相对宽松，法律没有明确指出农村房屋需要办理房产证。因此，在2008年1月1日之前，这是法律上的定义，建设前房屋拆迁补偿等于有证房屋的全额补偿。

3。历史遗留下来的房屋。在法律和登记制度不完善的情况下，房屋所有人在此期间有住房补贴的，房屋拆迁补偿相当于持证房屋的全额补偿。