(一)分级管理方式

所谓分级管理方式，是指按照部门、单位的组织级次设置审计机构，一级组织相应设置一级审计机构;部门、单位本级的审计机构对下属各内部审计机构进行统一指导，下属审计机构独立行使职权。分级管理的方式可使内部审计人员熟悉各自单位的环境和情况，使审计有较强的针对性和及时性;但也会使内部审计机构过于庞大，内部审计人员会受到所在单位负责人的一定约束，独立性程度相对较差。

(二)集中管理方式

所谓集中管理方式，是指只在本部门、本单位最高层次设置内部审计机构，在下属基层不专门设置内部审计机构，由专门派出的审计人员对下属单位进行审计。在这种设置方式下，派出人员对下属单位具有较高的权威，其独立性程度也较高。但要求加强审计的计划性，在了解下属单位的实际情况之后，再开展工作。

实际上，分级管理与集中管理也不是截然分开的，内部审计机构的设置可根据企业的特点灵活选择。如一些特大型的企业，或是下属单位众多的部门，就宜采用分级管理的形式;如有必要，也可在部门内对一些较小的下属机构，实行集中管理。对一些规模不大的企业事业单位，可根据需要，或者设置内部审计机构，或者不设内部审计机构而配备专职人员;对一些专题审计项目，还可聘请临时性的审计人员进行审计。