正如市场经济生活跌任何运行机制都可能同时具有正负两方面效应一样，实行外商投资企业优惠待遇有积极作用的一方面，也有消极作有的一面：造成国家财政收入的直接减少;削弱内资企业的竞争地位;外商投资企业投资的结构不合理;诱导投资者生产短期行为;投资者层次的结构不理想。主要表现为：

实行全面税收的优惠待遇，是以牺牲国家财政收入为前提。外商投资企业所得税税率为15—24%，而发达国家的企业所得税税率为50%，内资企业所得税税率高于外资企业，造成国家财政收入直接减少。又如，八十年代关于土地使用费的政策优惠更是牺牲了国家的财政收入。88年上海虹桥经济开发区向外商企业批租两块地分别为8174美元/平方米，2300美元/平方米(国内最高价低有5元—10元/平方米)，而仅是同期香港铜锣湾的1/10，日本东京地价的1/30，台湾的1/2000。

由于外商投资企业税负较轻，诱使多企业假借中外合资的牌子获得少纳税的好处。这样，非但没能引进更多的外资，反而导致我国一部分税收的正常流失，同时也削弱了我国企业的竞争能力(国有企业历史袍袱重，税负较重)，不利于公平竞争，也不利于民族经济的健康发展，扭曲了平等竞争。

促进局部效应同时，造成新的经济结构失衡。改革开放以来，对经济特区、经济开发区、沿海开放城市，内地城市等分别实行各不相同的地方倾斜政策，客观上促进了重点倾斜地区经济发展。但同时，造成了地区之间的发展不平衡，甚至加大了内地、沿海差距(发展更加不平衡)，不利于地区结构的相互协调与发展。产业导向趋于简单化，不分行业、不分生产或非生产性企业实行一刀切优惠政策，未能最大限度地引导外资向我国急需发展的瓶颈产业和高星科技企业发展，及向大中型企业倾斜，甚至导致外商投资企业短期行为，投资者的层次结构不理想。