在现代企业治理中，下属职能部门不得擅自签署集体劳动合同。

依据《劳动法》规定，集体合同应当由工会代表集体劳工，与雇主缔结达成，而非下属的职能部门自行与其签署。企业内部的员工方可通过平等公开的协商程序，针对劳动报酬、工作时长、休息权益、职业安全、健康保护以及保险福利等具体议题进行集体合同的制定和签署。需要指出的是，作为企业组织架构中的一个组成部分，并未赋予各职能部门独立决策或签署集体合同的权力。当某职能部门有特定的协商需求时，应首先寻求与集团公司层面或者通过工会的代表权来与企业进行沟通与磋商，以妥善处理相关事宜。

《中华人民共和国劳动合同法》第十一条

用人单位未在用工的同时订立书面劳动合同，与劳动者约定的劳动报酬不明确的，新招用的劳动者的劳动报酬按照集体合同规定的标准执行；没有集体合同或者集体合同未规定的，实行同工同酬。