开发商合同中的补充协议有霸王条款是无效的，因为法律规定，格式条款出现下列情形无效：

1．提供格式条款一方排除对方主要权利。

2．霸王条款就是指以上情形。提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利。

合同补充条款有什么效力

合同补充条款与合同具有同等法律效力。合同是当事人或者当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同受法律保护。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，以后期约定的条款为准。时间过后的协议实际上是对主合同原协议的重新修订，是补充合同的精髓和本质。若仍以主合同原条款为准，则失去了补充合同存在的意义。

《民法典》第四百九十七条

有下列情形之一的，该格式条款无效：

（一）具有本法第一编第六章第三节和本法第五百零六条规定的无效情形；

（二）提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利；

（三）提供格式条款一方排除对方主要权利。