公司章程与股东资格取得的关系是：股东资格，又称股东地位，是指民事主体作为公司股东的身份和地位。公司章程是指对公司及其成员具有约束力的自治性规则。公司章程对公司和宪法对国家一样重要。是约束公司、股东、董事、经理最重要的法律文件，是确定股东权利义务的主要法律依据。对内约束公司和股东，对外公示。

股东合作协议与公司章程矛盾时

公司章程将登记备案和对外公示，对其他社会公众具有一定的依赖利益，是他人了解公司的基本依据。但股东协议仍是一个特殊的合同，只要是股东们真实意识的表示，其仍可通过另签新的合同来否定公司章程中原来的约定。公司章程是对外有公示性的法律文件，股东协议是内部约定，不对外公示，除了股东之外，公司以外的其他人并不知道协议的具体内容，股东协议并不具有“对外”效力。

（一）如涉及公司“外部”问题时

如果是涉及股东与第三人之间的事项时，因属于“外部”问题，外部人员难以知晓公司内部事情，基于对外部第三人的保护，应适用经过登记公示的公司章程，而不能适用股东协议来处理。

（二）如涉及公司“内部”问题时

如果是涉及到股东之间或公司内部事项时，因属于“内部”问题，应当根据实际情况进行区分，原则上以股东的真实意思为准。哪个约定最“新”即出台时间较晚，就应当适用哪个来处理。如就“分红比例”而言，公司章程规定按实缴出资比例分配，而股东协议却约定按出资比例分配的话。如果股东协议签订的时间比公司章程早一些，那么就应适用公司章程中的规定，反之，就应适用股东协议来处理。

《中华人民共和国公司法》第十一条设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。