收取合同违约金时，应区分不同的情况，在开具发票时区别对待：

1，一般地，销售货物或提供增值税应税劳务而收取的违约金，应开具增值税专用发票，并计入销售收入；

2，提供服务性业务而收取的违约金，应开具服务业发票，并计入营业收入；

3，因资金往来而收取的违约金，应开具服务业发票，按金融保险业计征营业税。

这里要注意，如销售货物的所有权没有发生转移，或者未提供增值税、营业税应税劳务而收取的违约金，则不需要开具发票。

如何确定劳动合同违约金

违约金的数额的设定都要求应当遵循公平原则，根据劳动者的劳动报酬等因素合理确定。劳动者向用人单位支付的违约金最多不得超过本人解除劳动合同前12个月的工资总额。约定的违约金数额畸高的，当事人可以要求适当减少。双方当事人因违约金发生争议的，可以按劳动争议处理程序解决。

《中华人民共和国发票管理办法》第三条本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。