1、经济适用房合同明确标注，经济适用住房取得后一般5年内不得转让。商品房合同可以买卖，不受限制。区别就在于其买卖的性质。

2、概念。经济适用住房是指以中低收入家庭为供应对象，享受税费减免政策，住房价值相对市场价是“适中”的，能够适应中低收入家庭的承受能力，在住房设计及其建筑标准上强调住房的使用效果和建筑质量，“适合”居住，具有社会保障性的商品住房。而商品房是指具有经营资格的房地产开发公司开发经营，完全按市场规律运作的住宅。

3、价格。经济适用住房的销售对象是广大中低收入者，所以确定经济适用住房售价时，既要考虑中低收入家庭的经济承受能力，使职工能够买得起，又要兼顾国家补助能力。因此经济适用住房售价实行政府指导价，即按保本微利的原则，由建设资本加上3％的开发建设利润确定。政府不仅在经济适用住房建设中给予用地、计划、规划、建设、资金等方面的政策扶持，而且给予一定的税费减名政策，使得经济适用住房能以“适中”的价格出售。能真正适合中低收入家庭。而商品房价格却完全“随行就市”。

4、质量。经济适用房以经济适用为出发点，突出“实惠”二字。因此，经济适用住房建设要体现适用、美观的原则，使用功能要满足居民的基本生活需要。在功能上要齐全，室内生活必需的设施要有，厅房要齐全；在面积上还要考虑到各地经济发展水平、住房水平、居民生活习贯有很大差别。以市场接受为前提，因地制宜地制定经济适用住房的面积标准。商品房则不然，大户型、实用性、装饰性和功能分区明确是商品房设计理念中的核心。

5、权利。由于经济适用房建设用地实行国家统一划拨制，享受免征地土出让金等各种优惠措施，使得建设成本明显低于商品房。因此，经济适用房的房主只享有房屋占有权、房屋处分权、房屋使用权而不能享受房屋收益权，如将房屋上市交易，必须补交土地出让金及各种税费后才可上市，而商品房是完全产权，没有此项限制。