虽然建筑物区分所有权制度和相邻关系两项制度有一些交集，但也还是有很大的区别。建筑物区分所有权和相邻关系的主要区别如下：

1、性质不同。建筑物区分所有权是一种特殊的所有权，由专有权、共有权以及成员权相结合而成，属于独立的一种物权。相邻关系，并不是一种独立的物权，其本质是相邻不动产所有权或者使用权的适当扩展或限制。

2、主体不同。建筑物区分所有权主体必须是所有权人，现实中取得专有部分的所有权即成为了建筑物区分所有权人。相邻关系的主体是相互毗邻的不动产的所有人或使用人，此处不限于是所有权人。

3、客体不同。建筑物区分所有权的客体指的是区分建筑物的专有部分和共有部分。相邻关系客体一般是指相邻各方行使不动产所有权行为，强调的是所有人或使用人可要求邻人提供方便，正当行使自己的所有权权益，同时又要为邻人利益方便，接受必要限制。

4、内容不同。建筑物区分所有权的内容包括对专有部分的权利义务，基于共有部分而形成的权利义务，以及依成员权而享有的权利和承担的义务。相邻关系内容包括：相邻一方有权要求相邻另一方提供必要的便利，相邻另一方应当在必要的限度内给予方便。可以说此为对不动产所有权的扩张;相应的，在他方要求己方提供必要便利时，己方得负担一定限度的容忍义务，也就是限制己方权利的行使。

5、建筑物区分所有权制度主要解决的是所有权的行使与保护问题，而相邻关系主要调整的是所有权的延伸和限制问题。