根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发〔2000〕187号)规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款;如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。

纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。

虚开增值税专用发票通常采用四种手段：

一是“借壳”虚开。例如，不法分子在乡镇等较偏僻的地区租借经营不良企业的厂房或民房，成立若干个药业或药材公司，以收购加工中药材之名，购置一些简单的加工设备和少量中药材作为“道具”，从税务机关套取农产品收购发票和增值税专用发票，通过为自己虚开农产品收购发票抵扣进项税款，为他人虚开增值税专用发票，从中收取开票“手续费”。

二是“买壳”虚开。一些不法分子用少量的资金“盘下”经营不善企业作为操作平台，在没有货物出口的情况下，采用“异地报关、两头在外”的出口模式，通过“配货、配单、配票”的办法，将他人的出口业务虚构为自己的出口业务，以达到骗取出口退税的目的。

三是“冒壳”虚开。一些不法分子利用购买货物但不需要增值税专用发票抵扣的企业、个体工商户和消费者的“开票额”，虚构进货业务，或采用“票货分离”方式，从销货企业套取增值税专用发票来抵扣进项税额，然后对外大量虚开增值税专用发票，从中牟利。

四是“造壳”虚开。一些不法分子通过民间借贷资金注册虚假公司或空壳公司，将生产设备出租给其他个人，由承租人自行承接受托加工业务自主经营、自负盈亏，涉案企业将承租人的生产经营活动虚构为自己公司的生产经营活动，骗取认定增值税一般纳税人资格并从税务机关套取增值税专用发票，为自己在异地设立或参股经营的企业虚开，然后通过异地关联企业“配货、配票、配资金”，操作虚假“出口”业务以达到骗取出口退税的目的。