申请公司破产后债务应当是由债务人来进行偿还，根据我们国家法律当中明确的规定如果企业破产的话，由债权人或者是债务人所诉，请法院宣告破产，并且按照破产程序偿还相关的债务，一般情况下是以公司的财产来进行偿还的。

申请公司破产后债务应当是由债务人来进行偿还，根企业破产是指债务人因不能偿债或者资不抵债时，由债权人或债务人诉请法院宣告破产并依破产程序偿还债务的一种法律制度。

首先，应当先偿还破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；其次偿还破产人欠缴社会保险费用和破产人所欠税款；最后再行偿还普通破产债权。如果破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。

综上，企业破产后，应当就破产人全部财产偿还债务，不能全部偿还的，严格遵守法律规定，按照清偿顺序偿还。

一、哪些财产不属于破产财产

(1)债务人基于仓储、保管、加工承揽、委托交易、代销、借用、寄存、租赁等法律关系占有、使用的他人财产；

(2)抵押品、留置物、出置物，但权利人放弃优先受偿权的或优先偿付被担保债权剩余的部分除外；

(3)担保物灭失后产生的保险金、补偿金、赔偿金等代位物；

(4)依法律规定存在优先权的财产，但权利人放弃放弃优先受偿权或优先偿付特定债权剩余的部分除外；

(5)特定物买卖中，尚未转移占有但相对人已完全支付对价的特定物；

(6)尚未办理产权证或产权过户手续但已向买方交付的财产；

(7)债务人在所有权保留买卖中尚未取得所有权的财产；

(8)所有权专属于国家且不得转让的财产；

(9)破产企业工会所有的财产。