1、首先需要确定该员工所取得的一次性补偿收入是否可以免征，按您所述，该员工取得的一次性补偿收入为260000元，而按您所述北京地区2008年人均平均工资应为3726*12=44712元，则：1、北京地区上年平均职工工资3倍：44712*3=134136元2、该员工所发放的一次性补偿收入应计税部分：260000-134136=125864元3、再按国税发[1999]178号进行平均作为其月工资收入：125864/7=17980.57元4、月工资应纳税所得额：17980.57-2000=15980.57元月工资应纳税额：15980.57*20%-375=2821.11元5、合计应纳税额：2821.11*7=19747.80元6、计算该员工当月工资应纳个人所得税：扣除该个人按地方政府法规比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金、失业保险基金，即您所说的2500元，应为当月工资25000的扣除基数，但这2500元必须符合规定比例，如果超缴的部分则不应进行扣除，那么，该员工扣除四险一金后的应纳税所得额为：25000-2500-2000=20500元