1、含义不同：

3%为小规模纳税人增值税税率；17%为一般纳税人增值税税率。

2、享受的税收的政策不一样：

小规模纳税人不能抵扣进项税，只有一般纳税人才能抵扣进项税额。

一般纳税人抵扣进项税的条件：

（1）必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税。

（2）取得小规模纳税人在国税代开的增值税专用发票，可以按3%抵扣进项税。

3、发票性质不同：

3%的税率在增值税普通发票使用较多的；17%税率常见于增值税专用发票。税法规定必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税，进项增值税发票经过认证可以抵扣税金，普通发票不能抵税。

一、税务局代开增值税专用发票怎么填

根据我国法律规定。要求如下：

1、代开专用发票是指主管税务机关为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票，其他单位和个人不得代开。

2、主管税务机关应设立代开专用发票岗位和税款征收岗位，并分别确定专人负责代开专用发票和税款征收工作。

3、代开专用发票统一使用增值税防伪税控代开票系统开具。非防伪税控代开票系统开具的代开专用发票不得作为增值税进项税额抵扣凭证。

4、本办法所称增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。

二、未开的增值税发票能跨年使用吗

未开的增值税发票能跨年使用。

增值税发票一般指增值税专用发票，增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。

一般情况下，企业刚开始领用的发票数量是二十五张，若不够用，可申请增量或增版。增量适用于金额不高，但是开票量大的公司，增版适用于客单价高的企业，这类企业的特点是金额大，但开票量相对较小。

一般纳税人有下列情形之一者，不得领购使用专用发票：

1、会计核算不健全，即不能按会计制度和税务机关的要求准确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额者；

2、不能向税务机关准确提供增值税销项税额、进项税额、应纳税额数；

3、有私自印制专用发票、借用他人专用发票、向他人提供虚开的专用发票、未按规定保管专用发票等行为，经税务机关责令限期改正而仍未改正者。

增值税专用发票必须按下列规定开具：

1、项目填写齐全，全部联次一次填开，上、下联的内容和金额一致；

2、字迹清楚，不得涂改；

3、发票联和抵扣联加盖单位发票专用章，不得加盖其他财务印章；

4、纳税人开具专用发票必须预先加盖专用发票销货单位栏戳记；

5、购销双方单位名称必须详细填写，不得简写；

6、发生退货，销售折让收到购货方抵扣联、发票的处理方法；

7、税务机关代开专用发票，除加盖纳税人财务专用章外，必须同时加盖税务机关代开增值税专用发票章，专用章加盖在专用发票底端的中间位置，使用红色印泥。凡未加盖上述用章的，购货方一律不得作为抵扣凭证；

8、不得拆本使用专用发票。