1、检察院在审查起诉阶段发现案件不属自己管辖的，按以下情形处理：

(1)在审查起诉阶段发现属于监察机关管辖的，应当及时商监察机关办理。

(2)属于公安机关管辖，案件事实清楚，证据确实、充分，符合起诉条件的，可以直接起诉；事实不清、证据不足的，应当及时移送有管辖权的机关办理。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第三百五十七条

一、人民检察院审查起诉的法定期限

刑事诉讼法规定，人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。上述审查起诉期限，是指犯罪嫌疑人已被羁押而言，对于犯罪嫌疑人未被羁押的法律未规定审查起诉期限，但检察机关应抓紧时间进行审查，不得拖延时间。法律规定办案期限，主要是根据司法机关的办案水平和实际需要进行考虑的，既要保证司法机关有足够的时间审查案件，如检察院在审查案件过程中要讯问犯罪嫌疑人，询问证人、被害人，要对各种证据进行核查，有的还要进行技术鉴定，对证据不够充分的，检察院可以自行进行侦查，以保证做到准确、不出差错；同时又要防止办案时间过分延长，使案件久拖不决，不利于保障犯罪嫌疑人的合法权益。

刑事诉讼法规定的上述检察院审查案件的时间基本上是符合我们国家的情况的。这里应当注意两种情况，一是人民检察院在审查案件当中，认为事实不清，证据不足，需要退回公安机关补充侦查的，经公安机关在一个月内补充侦查完毕，又移送人民检察院要求起诉的，人民检察院可以重新计算审查期限；二是在人民检察院审查案件中，发现该案件依照法律规定不属于自己管辖，而属于另外一个检察院管辖的，或是由上级人民检察院指定将该案件交给另一个检察院管辖的，改变管辖后的人民检察院应当重新计算审查期限。