申请工伤认定的期限超期的处理办法：如果是因职工或其近亲属自身的原因造成的，则当事人一般不能再提出申请，社保行政部门不予受理；如果不是由职工或其近亲属的原因造成的，则被耽误的时间不计算在工伤认定申请期限内。申请人仍然可以提出申请，社保行政部门会依法予以受理。

《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第七条

由于不属于职工或者其近亲属自身原因超过工伤认定申请期限的，被耽误的时间不计算在工伤认定申请期限内。

有下列情形之一耽误申请时间的，应当认定为不属于职工或者其近亲属自身原因：

（一）不可抗力；

（二）人身自由受到限制；

（三）属于用人单位原因；

（四）社会保险行政部门登记制度不完善；

（五）当事人对是否存在劳动关系申请仲裁、提起民事诉讼。