有区别。

申请辞职与自动离职对于劳动者个人权益而言是有影响的。申请辞职是劳动者依法按程序从原单位辞职，国家法律法规对申请辞职的劳动者权益予以保护。

而自动离职是劳动者违反劳动合同法的行为，国家法律对这种行为在一定程度上具有惩罚性，它体现在对自动离职的劳动者，如果日后被其他单位录用，工龄从重新录用之日起计算，他在原单位的工龄就不再计算了。

而工龄的长短可能又会影响到劳动者在新单位的工资、福利、社保、医保等方面的待遇。所以当劳动者决定辞职时，最好的做法是首先直接跟主管提交辞呈，诚实地说明辞职的原因，然后与主管商量，如何将工作合理移交，辞职过程中双方都应尽量做到合情合理合法。