区别一：主体政府退出和入市

首次房改成功的最大启示在于政府因素的顺势退出。开发商建房、银行贷款、老百姓买房，最终通过市场机制解决了行政分配体制的不足。与之相比，“二次房改建议书”在理念上是对首次房改的扬弃，需要强化的正是政府部门的行政职责。也就是试图通过行政部门对市场需求的重新划分，对逐利动力驱动的市场力量实现牵制，来实现不同需求领域的供求平衡。

区别二：制度对中等收入家庭提供保障

第一次房改，明确了货币化房改方向，明确最低收入家庭租赁由政府或单位提供的廉租房，中低收入家庭购买经适房，高收入家庭购买、租赁市场价商品房。唯独对许多处于中低收入和高收入之间的中等收入家庭却没有明确和保障。事实上，目前正是这群日益壮大的夹心层，既买不起商品房，又不能享受保障房。对此，二次房改建议书的基本方向是建立能够满足中等收入家庭住房需求的公共住房制度(包括公共租赁住房制度)，减轻高房价给“夹心层”带来的压力。

区别三：土地从“招拍挂”到“四定两竞”双轨制

对于城镇国有土地的使用权出让和转让，第一次房改从法律上明确土地使用权出让可以采取协议、招标、拍卖三种方式，即“招拍挂”方式。二次房改建议书则希望既承认“招拍挂”的存在，又要求政府还能以“四定两竞”即“定地价、定建房标准、定税费率、定5%利润率、竞房价、竞建设方案、综合打分高者得”的方式出让土地，实现土地价格“双轨制”。

区别四：形势从禁止单位建房到促进职工就近居住

当初提出第一次房改的初衷就是认为国家和企业包了职工的住房，占有了国有资产的使用，所以才禁止单位福利分房的，而第二次房改建议书恰恰认为这样存在诸多弊端，如增加城市交通量和能耗，职工上下班时间长，增加疲劳，降低效率;削弱保障性住房的周转性、流动性与分配使用合理性等等，所以二次房改建议书则认为优良的城镇居民住房体制应当能够促进职工就近居住，而不是产生逆向作用。因此，“促进职工居住半就近”的现实可行的考虑，是作为二次房改建议书的一个重要目标。