（一）增值税

单位和个人转让在建工程项目时，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为，因此不管是否办理更名手续，转让在建工程应按以下办法征收增值税：

1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按转让无形资产税目中转让土地使用权税目征收增值税。

2、转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按销售不动产税目征收增值税。

（二）土地增值税

1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按转让土地使用权征收土地增值税。已投入的开发成本部分可以扣除，但不能加计扣除。

2.转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按销售不动产征收土地增值税，已投入的开发成本可以加计扣除。

（三）初始成本的确认原则

以购买烂尾楼（在建工程或者在建项目）为例，如购买在建工程后继续开发，然后进行销售，则其初始成本的确认可以采取两种方法。一是原始成本法，购买时要求转让方提供开发成本清单，然后按照清单上所记载的金额分别计入各个成本核算项目，购买价高于转让方（原开发商）成本的部分视为土地溢价，计入取得土地使用权支出。二是分摊计算法，如果所购项目完工率较低，可以将所有支出全部计入取得土地使用权支出；如果完工率较高，则可以将各项支出按照预算定额比例分摊计入不同成本项目。

（四）在建工程拆除重建的成本扣除问题

不管是以股权转让还是资产转让的形式收购在建工程，就实务本身而言，在税前扣除方面，原招拍挂的土地成本不受影响，可以在土增税和所得税前扣除；被拆除的原在建工程的开发成本可在所得税税前扣除，需依据损失情况向税务机关备案。而土增税前是否可扣除，目前无税收法规层面的明确依据，由于原开发成本不构成新建筑物的主体成本基础，部分税务机关认为不能作为新建筑物成本扣除，部分地区则认为拆除重建前后的建筑物具有因果关系，可以作为土地增值税的扣除额，具体需要以各地税局的意见为准。增值税方面，因老项目多数是选用简易计税，不需进项税额抵扣，故不受拆除重建影响。而新项目采用一般计税，若非属于因管理不善造成的被盗、丢失、霉烂变质，或因违反法律法规造成的依法没收、销毁、拆除情形，则可以作进项税额抵扣，烂尾项目的多数是因为规划落后，司法争议等因素形成，不属于不得抵扣情形，故多数情形原进项税额是可以抵扣。