1、划清本罪与玩忽职守罪的界限。二者的区别在于：

（1）犯罪主体不同。前者的主体是负责办理护照、签证以及其他出入境证件的国家机关工作人员，后者的主体则是一般国家机关工作人员。

（2）主观方面不同。前者主观上具有明知的故意，后者则出于过失。

2、划清一罪与数罪的界限。行为人明知是偷越国（边）境的人员而向其出售护照、签证以及其他出入境证件的，其行为同时触犯办理偷越国（边）境人员出入境证件罪和刑法第320条规定的出售出入境证件罪两个罪名，应按照处理法条竞合犯的原则，从一重罪处断，不实行并罚。

3、划清本罪与组织他人偷越国（边）境罪、运送他人偷越国（边）境罪共犯的界限。行为人与组织、运送他人偷越国（边）境的犯罪分子相勾结，为偷越国（边）境的人员办理出入境证件的，构成该两罪的共犯，不以本罪论处。

4、明知偷越国（边）境的人员是犯罪的人而为其办理出入境证件的，其行为同时触犯办理偷越国（边）境人员出入境证件罪和窝藏罪两个罪名构成想象竞合犯，应从一重罪处断，不实行并罚。放行偷越国边境人员罪客观要件本罪在客观方面表现为利用职务之便，非法放行他人偷越国（边）境的行为。所谓利用职务之便，是指利用主管、经管、经手办理护照、签证或负责审查、核对护照、签证等出入境证件的职务之便。如果国家工作人员没有利用职务之便，而以其他方法帮助他人偷越国（边）境的，应按偷越国（边）境罪的共犯论处。所谓非法放行他人偷越国（边）境，是指违反规定，为企图偷越国（边）境人员签发护照、签证等有效出入境证件，或者不履行检查出入境的职责，对偷越国（边）境人员予以放进或放出的行为。如果上述国家工作人员与组织、运送他人偷越国（边）境的犯罪分子相勾结，实施上述非法放行偷越国（边）境的行为，则应属于组织他人偷越国（边）境罪和运送他人偷越国（边）境罪的共犯，因此，应依照组织他人偷越国（边）境罪和运送他人偷越国（边）境罪定罪处罚。