建设工程施工合同无效不影响结算协议的效力。

建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。当事人有权通过协议方式确定合同无效后的权利义务。建设工程施工合同无效并不必然导致建设工程施工合同关系终止后当事人就工程价款（折价补偿款）支付方式、支付时间、未按约定支付的违约责任所签订的合同无效。

律师补充：

近年来建设工程案件的数量及标的呈现快速增长的趋势，且建设工程领域的案件一般都是比较复杂的，涉及到造价、质量、工期、安全等方方面面的问题。结算协议也是经过承发包双方利益博弈后签订的协议，该协议一经签订，一般来说是具有终局性质的，如该结算协议中未涉及工期、质量等问题，也就视为双方就工期、质量等没有争议。

结算协议签署后，发包人应当按照结算协议的约定支付后续工程款，结算协议产生方式分为三个方式：

1、依照合同承包人报送结算资料发包人审核，双方共同签署结算协议。

2、发包人和承包人共同委托造价咨询公司进行造价审核，审核结果出具后，双方共同签署确认。

3、发包人单方委托造价审核，出具审核结果后承包人签字确认。

【法律依据】

《中华人民共和国民法典》

第七百九十三条建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。

建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：

（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；

（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。

发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。