1、性质不一样

甲方是代表出资人的一方，施工单位是完成规定合同义务的干活人。施工单位是承揽项目，负责施工的，相当于长工。

甲方代表是指建筑工程的投资方，对该工程拥有产权。甲方代表也称为业主单位或项目业主，指建设工程项目的投资主体或投资者，它也是建设项目管理的主体。主要履行提出建设规划、提供建设用地和建设资金的责任。

施工单位是由相关专业人员组成的、有相应资质、进行生产活动的企事业单位。比如，甲方代表自营工程的施工队、房修队、国营建筑公司、安装公司、工程队、市政公司及集体施工企业等组织机构，都可以叫做施工单位。

《中华人民共和国建筑法》

第二十九条建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位；但是，除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。

建筑工程总承包单位按照总承包合同的约定对建设单位负责；分包单位按照分包合同的约定对总承包单位负责。总承包单位和分包单位就分包工程对建设单位承担连带责任。