1、制度缺陷。刑事诉讼法规定，对于因犯罪行为致使国家和集体财产遭受损失的，人民检察院提起公诉的时候可以提起附带民事诉讼。这种规定明显太概括、太原则，诸如刑事附带民事诉讼的受案范围、法律适用、举证责任、取证权利、庭审任务、能否适用调解、能否上诉或反诉、执行监督以及检察机关内部的分工配合等都没有具体明确的规定。

2、权利保护存在缺陷。在司法实务中，对刑、民事交织案件的处理一般是“重惩罚，轻保护，重视人身权利保护，轻视财产权利的保护"，习惯采用追赃的办法，这种方法显然力度有限。“赃"即犯罪所得，而犯罪分子的其它财产并不一定是赃款赃物，而且追赃过程中人员力量、手段、时间都非常有限。可见追赃的方法并不能代替刑事附带民事诉讼。

3、办案标准难以准确把握。刑事案件的标准和民事案件的标准是不一致的。刑事案件要求“证据‘确实充分"、”排除合理怀疑"，而民事案件强调证据优势。但现行刑事附带民事诉讼由同一审判组织，检察机关往往也只由公诉部门的同志兼顾刑事和民事两方面，以往民行检察部门的同志很少参与，这就使得公诉人、法官对刑民交织案件适用同一标准，混淆了公法和私法的区别，必然导致顾此失彼，甚至审判不公。