程序是外商投资企业进行清算的基本程序，也是最重要的程序，一般经历如下程序：

一、申请企业终止与清算

外商投资企业如果因为提前终止企业进行普通清算，应向原审批机关提出终止企业和进行清算的申请，并提交下列资料。

1.外商投资企业提前终止的申请书。

2.董事会决议。

3.外商投资企业批准证书(原件)。

4.营业执照复印件。

5.清算工作计划书。

二、书面通知各政府机关清算事宜

企业应当自清算开始之日起7日内，将企业名称、地址、清算原因和清算开始日期等以书面通知企业审批机关、企业主管部门、海关、外汇管理机关、企业登记机关、税务机关和企业开户银行等有关单位;企业有国有资产的，还应当通知国有资产管理行政主管部门。

三、成立清算委员会

外商投资企业企业权力机构应当自清算开始之日起15日内成立清算委员会。清算委员会至少由3人组成，其成员由企业权力机构在企业权力机构成员中选任或者聘请有关专业人员担任。清算委员会设主任1人，由企业权力机构任命。

在实务中，为了节省时间及简化手续，企业权利机构可以预先确定清算委员会的组成成员，并在向原审批机关提出提前终止企业和进行清算的申请时，将清算委员会成员名单一并附于申请书中，以便原审批机构同时进行审批。

清算委员会成立后，企业有关人员应当在清算委员会指定的期限内将企业的会计报表、财务账册、财产目录、债权人和债务人名册以及与清算有关的其他资料，提交清算委员会。

四、书面通知已知的债权人申报债权

清算委员会应当自成立之日起10日内，书面通知已知的债权人申报债权。

五、清算公告

清算委员会应当自成立之日60日内，至少两次在一种全国性报纸、一种当地省或者市级报纸上刊登公告。第一次公告应当自清算委员会成立之日起10日内刊登。

清算公告应当写明企业名称、地址、清算原因、清算开始日期、清算委员会通讯地址、成员名单及联系人等。

六、申报债权

债权人应当自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自第一次公告之日起90日内，向清算委员会申报债权，并提交有关债权数额以及与债权有关的证明材料。未在规定的申报债权期限内申报债权的，按照以下规定处理：

1.已知债权人的债权，应当列入清算。

2.未知债权人的债权，在企业剩余财产分配结束前，可以请求清偿;企业剩余财产已经分配结束的，视为放弃债权。