工程质量保证金返还申请程序是：

1、建设单位向住建局质检部门提出申请；

2、物管办公室签署退还意见并盖章后返还质监部门方可退还；

3、物业确认公告期间无问题的，由物管科签字报综合科复核无异议后盖章返还住建局质监部门；

4、有问题的，由开发单位维修，维修合格经反映业主签字、物业盖章确认报物管科履行。

工程质量保证金返还怎样约定

建设工程质量保证金返还（保修金）是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。在合同中对保修金约定常见的问题主要有合同条款及附件约定相矛盾，将保修期满作为返还保修金的条件，以及随意更改经过招投标程序所订合同对保修金的约定等。

因此，在签订《建设工程施工合同》时，对保修金的返还建议约定为：保修金在工程竣工2年后七个工作日内返还。，不要约定为保修期满后返还，因为法律规定的工程保修期最长为建筑主体设计使用年限。同时，在返还时是否支付利息也需要明确约定，防止发生争议。另外，由于招投标法第46条规定不得签订背离合同实质性内容的合同。因此，如果双方背离合同实质性内容而更改保修期将是无效的。

在实践中，建设工程承包合同中约定的质保金，有两种不同的含义，其一是指质量保修金，其二是指质量保证金。

所谓质量保修金是指建设单位与施工单位在建设工程承包合同中约定或施工单位在工程保修书中承诺，在建筑工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修建筑工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。

建设工程施工质量保修金与施工质量保证金这两个概念，虽只有一字之差，但两者的法律属性却截然不同，前者在合同中的约定符合法律规定，属有效行为。后者无法律依据，等于变相的垫资施工。因而属于非法行为。两者法律属性的不同。因此处理时就会产生两种不同的法律后果。

《建设工程质量保证金管理》第九条

缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定从保证金或银行保函中扣除，费用超出保证金额的，发包人可按合同约定向承包人进行索赔。承包人维修并承担相应费用后，不免除对工程的损失赔偿责任。

由他人原因造成的缺陷，发包人负责组织维修，承包人不承担费用，且发包人不得从保证金中扣除费用。

第十条

缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。