当货车在超载的情况下发生事故时，保险公司是否应当进行赔偿，通常需要考虑以下两个层面的情况：

首先，如果货车仅仅是超载而并无其他违法行为，那么保险公司仍然应该按照规定对其进行赔偿。换句话说，交通违章并不构成保险公司的法定免责条件。

其次，若货车除了超载这一违规事项之外，还涉及到了保险公司根据法律或合同规定所可以拒绝对车辆进行赔偿的某些因素，那么保险公司将有权拒绝承担相应的费用。

《民法典》第一千二百一十三条，机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。