增值税会计处理的弊端主要表现为：

第一，与实际成本原则(历史成本计价原则)相背离。

实际成本原则是指，企业的各种资产应当按其取得或购建时发生的实际成本进行核算，它要求对企业资产、负债及所有者权益项目的计量，应当基于经济业务的实际交易价格或成本。一般纳税人在购进货物并取得增值税专用发票的情况下，实际付出的是货物的买价、采购费用和增值税。按现行增值税核算办法，买价计入存货成本，增值税记入“应交税金——应交增值税(进项税额)”科目，据此反映的存货成本只是实际成本的一部分，不符合实际成本计价原则的要求。

第二，未真实反映企业增值税负担水平。

现行会计处理方法在确认销项税额时与销售收入的确认基本一致(视同销售除外)，但作为销项税额抵扣的进项税额，却采用“货到扣税法”或“付款扣税法”。由于当期所购人的原材料并不一定全部被消耗在当期已销售的产品成本中，因此。企业每期交纳的增值税并非真正的增值部分，也不符合会计配比原则。同一时期的销项税额与进项税额不相配比，使得人们难以从销售收入同增值税的逻辑关系上判断企业是否合理地计算并交纳了增值税，以及销售业务增值税的实际负担水平，且其对企业损益的影响，不便于信息使用者全面了解企业的盈利过程。

第三，违背了会计核算可比性原则的要求。

从单个一般纳税人看，如果购进货物时按规定取得了增值税专用发票，其存货成本就不包括付出的增值税进项税额，如果是取得普通发票或取得的增值税专用发票不符合规定，其存货成本则包括付出的增值税进项税额。同一企业的存货，有的按价税分离进行会计核算，有的按价税合一进行会计核算缺乏可比性。另外，从一般纳税人和小规模纳税人的关系看，一般纳税人在取得符合规定的增值税专用发票时，存货成本按价税分离核算，而小规模纳税人不论是否取得了增值税专用发票，均按价税合一核算存货成本，从而又导致了不同类型企业的存货计价缺乏可比性。由于营业税采用含税法进行会计处理，这样现行会计报表分成了两大板块：征收增值税的生产企业、商业企业，其报表中的“主营业务收入”、“主营业务成本”以及存货类科目均为不含税科目;征收营业税的非生产性服务企业，其报表中的这些科目却为含税科目。口径的不同严重影响了两类报表的可比性，也使得两类报表的合并缺乏解释基础。

第四，未能充分揭示增值税会计信息。

由于增值税不能作为费用进入损益表。企业获致利润的过程无法完整再现，报表使用人无法确知增值税对本期损益的影响程度。在现行的增值税会计制度中，没有增值税的费用账户，所有相关费用计入购入货物成本或转入“在建工程”、“应付福利费”等科目中，使得会计报表不能充分揭示增值税会计信息。

第五，出口退税清算差异的费用无法确认。

所谓的出口退税清算差异是指：在实际工作中，企业申报的出口退税与税务部门实际清算后返还的出口退税数额之间存在的差异。据估计，我国很大部分的出口企业未能收回的应收退税额大约在3%～5%之间。对此若不计提一定的准备金是违反谨慎性原则的。

增值税费用化的理论分析如下：

第一，现行的增值税会计处理所谓的“代理说”缺乏理论依据。

首先，现行增值税会计处理在不少概念的使用上没有遵循会计学的定义。我国《企业会计准则——收入》中收入的定义是：收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。由此可见，收入是由于销售商品等而发生的经济利益总流入(其表现形式为资产增加或负债减少)，其金额理应与其对应的银行存款或应收账款账户的金额相等。因此，在确认收入时就应将销项税从销售收入中剔除掉的做法是有违会计概念的。其次，销项税与销售收入的确认违反逻辑，与其他流转税的处理方法相矛盾。收入的实现是纳税义务成立的先决条件，没有收入就没有纳税义务，然而免除了纳税义务，并不会导致收入的消亡，只会增加销售利润，二者是“母子关系”。因而会计必须按照“两笔业务观”进行账务处理：先按交换价格确认销售收入，然后再确认销项税。现行规定采用的是“一笔业务观”，销售一旦成立，销项税便与销售收入分离了。这样不仅本身违反逻辑，而且与其他流转税的处理方法相矛盾。再次，有背于会计核算的四大前提，缺乏首要前提——会计主体。会计核算有四大前提，其中首要前提便是会计主体。如果仅仅因为增值税的价外税形式和扣税机制等征税技术方面的原因，就主观认为企业只是增值税的代理人，并因而成为增值税的局外人是不妥当的。代理说是从税务机关的角度看问题，其主体是税务机关而非企业，按代理说设计的增值税会计处理只能反映企业的纳税义务，而不能反映企业的增值税负。最后，独立性是会计得以生存和发展的前提。在税法支配会计的模式下，会计丧失其应有的独立性，成为税法的附庸，必然会引起会计系统内部逻辑上的混乱，会计信息的决策有用性也会大大降低。

第二，增值税费用化存在其理论依据。现行增值税会计处理的理论基础“代理说”将增值税的流转特征与其转嫁性混淆。在经济学上，作为间接税的增值税，其税负的转嫁程度取决于课税商品供求双方的力量对比;确切地说，即供给弹性和需求弹性的相对强弱。弹性越强，说明避税能力越强，当供给弹性大于需求弹性时，供给方就能将大部分税负转嫁给需求方;反之，供给方则要承担大部分税负。只有碰到需求弹性为零的这种极端情况，需求方才不得不承担全部税负，所以在绝大多数情况下，企业都要关心每一笔增值税。增值税费用化的理论基础是“费用说”，增值税是对增值额的课税。理论上的增值额是指企业所销商品的价值(C+v+M)扣除了购入成本(c)后的余额(v+M)，亦即：增值税=f(c+v+M)-c1×R，其中R是税率。按照这一公式设计的征税办法称为“扣额法”。扣额法由于征税成本较高，逐渐被“扣税法”所取代。扣税法的公式为：增值税=(C+V+M)xR-CxR：销项税一进项税。扣税法使税务局得以按发票计算税款，手续大为简便。现行增值税不仅实行扣税法，还采用了“价外税”的形式，即计税价格中不含税款。然而这并不意味着增值税不能价内收取，以含税价格计税时，现行17%的增值税率将变为：17%÷(1+17%)=14.53%。扣税法和价外税只是可供选择的征税技术，并不会使增值税的本质发生任何改变。增值税仍然是企业创造的商品价值的一部分，而不可能是“代购代销的货物”。从会计的角度来看，增值税是企业为了获取收入而必须付出的资产，符合费用的定义，理应进入损益表。从费用的角度来看，增值税与其他流转税都是销售时确认的，须与销售收入相配比，企业的销售收入中应当包含销项税，存货成本中应当包含进项税。