如果协议里有约定违约金，毁约的话，是要付违约金的。

《中华人民共和国民法典》

第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

一、三方协议毁约影响诚信档案吗

不影响诚信档案。毕业生毕业一年之内改派手续合规不会影响诚信记录，如果单方面违约又没有改派辞职走人不顾后果，你的诚信记录就会大打折扣了。我国的诚信体系建设还不完备，这给不讲诚信着有了可乘之机，有的甚至同时多出就业，更有的同多个异性保持事实婚姻，还有的是合同为儿戏，这都是国家的法制体系没有健全的结果。

法律依据：《民法典》第五百零九条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。

当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。

当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。

二、三方协议违约金5000合法吗

如果三方上学校和公司都盖了章，那么这个协议就是有效的，违约金5000也是合法的。不少单位为了留住学生，以高额违约金约束学生。学生在前期协商中一定要力争将违约金降到最低，通常违约金不得超过5000元。但是，劳动法规定，“对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。除上述两种法律规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。