运输合同纠纷较一般合同纠纷复杂，它涉及到承运人是否正确履行合同、是否造成货物毁损、是否按时运到，收货人是否履行收货义务等。从便利审判与诉讼以及存在实际联系的角度出发，运输合同纠纷由运输始发地、目的地或被告住所地法院管辖是适宜的。目的地是指客、货运输的最终到达地。

运输合同可能是单一的运输工具来完成，比如由路上运输或者水上运输或者空中运输单独完成，也有可能采取的是多种运输工具联合运输，路上运输还存在公路运输和铁路运输之分。

采用不同的运输工具，就可能形成是由普通法院管辖还是由专门法院管辖的问题。实践中处理这一问题的基本原则是：

1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖；

2、如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖；

3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。

一、相关法律依据

《中华人民共和国民事诉讼法》[19910409]

第二十八条因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。

《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》[19991225]

第六条海事诉讼的地域管辖，依照《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定。

下列海事诉讼的地域管辖，依照以下规定：

(一)因海事侵权行为提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条至第三十一条的规定以外，还可以由船籍港所在地海事法院管辖；

(二)因海上运输合同纠纷提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条的规定以外，还可以由转运港所在地海事法院管辖；

(三)因海船租用合同纠纷提起的诉讼，由交船港、还船港、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖；

(四)因海上保赔合同纠纷提起的诉讼，由保赔标的物所在地、事故发生地、被告住所地海事法院管辖；

(五)因海船的船员劳务合同纠纷提起的诉讼，由原告住所地、合同签订地、船员登船港或者离船港所在地、被告住所地海事法院管辖；

(六)因海事担保纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、被告住所地海事法院管辖；因船舶抵押纠纷提起的诉讼，还可以由船籍港所在地海事法院管辖；

(七)因海船的船舶所有权、占有权、使用权、优先权纠纷提起的诉讼，由船舶所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖。

一般来说，合同的管辖权会在被告住所所在地，但货物运输合同由于其特殊性，因此货物运输合同的管辖权在运输的目的地、始发地以及被告住所所在地都是可以的。而实践中，运输方式的不同，如水上运输或航空运输等方式的不同也会使该合同的管辖地确定有所区别。