依据相关法律的规定，刑事案件立案后，双方达成和解协议的，能不能撤案要依据检察院是否作出不起诉决定，如果作出不起诉决定的，就可以撤销案件。对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。

刑事案件立案后多久必须结案

刑事案件立案后一般要二个月以内结案，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件；

以及有规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十九条双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。