已申报个税减免还要扣税的原因：每月扣缴的个人所得税只是根据当时的工资情况计算的，可能存在一些误差，因此到年末进行年度汇算时需要根据全年的实际工资收入情况重新计算个人所得税，如果全年实际收入超过了个税起征点，那么就需要补交个人所得税。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。