股东大会通过的决议，违反法律规定的处理是：

1、决议内容违法的，股东可以请求法院确认该决议无效；

2、决议通过的召集程序、表决方式违法的，股东可以请求法院撤销该决议。

《中华人民共和国公司法》第二十二条规定，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。

股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。

股东可起诉确认股东大会决议无效

征求意见稿规定，股东会、股东大会、董事会决议无效之诉和撤销之诉案件，应当列公司为被告。股东依据《公司法》第二十二条之规定提起诉讼时，被告要求股东提供诉讼费用担保的，应当说明正当理由并提供相关证据。此前，《公司法》仅规定，股东提起上述诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保，而未要求公司说明正当理由等。因此，从一定意义上讲，征求意见稿降低了股东提起上述诉讼的难度。

征求意见稿称，“公司股东、董事、监事可以依据《公司法》第二十二条第一款之规定提起诉讼，请求确认股东会、股东大会、董事会决议无效”。

上述规定体现了两点新意，当公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容因违反法律、行政法规而无效时：第一，股东可提起诉讼，请求确认股东会、股东大会、董事会决议无效；第二，董事、监事亦可提起诉讼，请求确认这些决议无效。

此前，《公司法》仅规定，股东可以就“股东会或者股东大会、董事会的会议符合法定撤销的情形”自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。

此外，征求意见稿还对“公司担保和投资”作出了规定：公司以董事或者高级管理人员为被告，主张其违反《公司法》或者公司章程之规定以公司名义对外投资或者提供担保，致使公司遭受损失，请求其承担民事赔偿责任的，人民法院应当受理。此前，证券市场曾发生过上市公司起诉高管以公司名义对外提供担保的案例。

征求意见稿还规定，公司以《公司法》第十六条、第一百零五条、第一百二十二条之规定为依据，主张担保合同或者投资合同无效的，应不予支持，但被担保人为公司股东、实际控制人、董事、监事或者高级管理人员的除外。

不过，对于“被担保人为公司股东、实际控制人、董事、监事或者高级管理人员的除外”这一规定，有学者建议取消。

《中华人民共和国公司法》第二十二条

公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。

股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。