公司盈余分配权发生纠纷应通过下列方式来解决：

1、如果股东会或股东大会已作出关于具体分配方案的有效决议的，股东可以向法院提起诉讼，请求公司按照决议载明的具体分配方案向股东分配利润；

2、尚未作出具体分配方案的，股东向法院起诉应提交违反法律规定滥用股东权利导致公司不分配利润，给其他股东造成损失的证据。

公司盈余分配权纠纷案例－－上海浦东新区法院判决

公司盈余分配权纠纷案例

2002年4月4日，上海市浦东新区法院“祁卫国诉上海中企建筑装饰工程有限公司盈余分配权纠纷案”

原告祁卫国是被告上海中企建筑装饰工程有限公司的在职职工。1995年，被告设立职工持股会。为此，原告先后持有公司股份10920股，2000年按25％分红。2001年1月13日，职工持股会作出了《职工持股会管理办法》的补充规定，其中第四条规定：休一年以上病假、待退休、待岗，连续六个月不能坚持上班者，所持股份按原值全额退出。同年8月，理事会会议明确通知祁卫国等三位原告，正式退股，不再享有分红权。但3位原告不同意退股，遂以公司盈余分配权受到侵害为由诉至法院。

法院认为：原告作为被告股东，被告单方通知原告退股，并没有和原告办理退股手续，故退股不成立；且股东在公司登记后，不得抽回出资，因此被告以原告连续6个月不上班为由而视为原告退股并不支付股息的做法是有过错的，依法应当支付原告红利并承担相关费用。

《最高人民法院关于适用若干问题的规定（四）》第十四条

股东提交载明具体分配方案的股东会或者股东大会的有效决议，请求公司分配利润，公司拒绝分配利润且其关于无法执行决议的抗辩理由不成立的，人民法院应当判决公司按照决议载明的具体分配方案向股东分配利润。

第十五条

股东未提交载明具体分配方案的股东会或者股东大会决议，请求公司分配利润的，人民法院应当驳回其诉讼请求，但违反法律规定滥用股东权利导致公司不分配利润，给其他股东造成损失的除外。